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Dr. Stefan Dentro

Journal Article Herms, A. ; Fernandez-Antoran, D. ; Alcolea, M. P. ; Kalogeropoulou, A. ; Banerjee, U. ; Piedrafita, G. ; Abby, E. ; Valverde-Lopez, J. A. ; Ferreira, I. S. ; Caseda, I. ; Bejar, M. T. ; Dentro, S. C.DKFZ* ; Vidal-Notari, S. ; Ong, S. H. ; Colom, B. ; Murai, K. ; King, C. ; Mahbubani, K. ; Saeb-Parsy, K. ; Lowe, A. R. ; Gerstung, M.DKFZ* ; Jones, P. H.
Self-sustaining long-term 3D epithelioid cultures reveal drivers of clonal expansion in esophageal epithelium.
Nature genetics 56(10), 2158-2173 (2024) [10.1038/s41588-024-01875-8]2024 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Baker, T. M. ; Lai, S. ; Lynch, A. R. ; Lesluyes, T. ; Yan, H. ; Ogilvie, H. A. ; Verfaillie, A. ; Dentro, S.DKFZ* ; Bowes, A. L. ; Pillay, N. ; Flanagan, A. M. ; Swanton, C. ; Spellman, P. T. ; Tarabichi, M. ; Van Loo, P.
The history of chromosomal instability in genome doubled tumors.
Cancer discovery 14(10), 1810-1822 (2024) [10.1158/2159-8290.CD-23-1249]2024 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article De Zuani, M. ; Xue, H. ; Park, J. S. ; Dentro, S. C.DKFZ* ; Seferbekova, Z. ; Tessier, J. ; Curras-Alonso, S. ; Hadjipanayis, A. ; Athanasiadis, E. I. ; Gerstung, M.DKFZ* ; Bayraktar, O. ; Cvejic, A.
Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer.
Nature Communications 15(1), 4388 (2024) [10.1038/s41467-024-48700-8]2024 DBCoverage Files BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Jakobsdottir, G. M. ; Dentro, S. C.DKFZ* ; Bristow, R. G. ; Wedge, D. C.
AmplificationTimeR: An R Package for Timing Sequential Amplification Events.
Bioinformatics 40(6), btae281 (2024) [10.1093/bioinformatics/btae281]2024 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Abby, E. ; Dentro, S.DKFZ* ; Hall, M. W. J. ; Fowler, J. C. ; Ong, S. H. ; Sood, R. ; Herms, A. ; Piedrafita, G. ; Abnizova, I. ; Siebel, C. W. ; Gerstung, M.DKFZ* ; Hall, B. A. ; Jones, P. H.
Notch1 mutations drive clonal expansion in normal esophageal epithelium but impair tumor growth
Nature genetics 55(2), 232-245 (2023) [10.1038/s41588-022-01280-z]2023 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article (Erratum/Correction) Rubanova, Y. ; Shi, R. ; Harrigan, C. F. ; et al
Author Correction: Reconstructing evolutionary trajectories of mutation signature activities in cancer using TrackSig
Nature Communications 13(1), 7567 (2022) [10.1038/s41467-022-32336-7]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Lomakin, A. (First author)DKFZ* ; Svedlund, J. ; Strell, C. ; Gataric, M. ; Shmatko, A.DKFZ* ; Rukhovich, G.DKFZ* ; Park, J. S.DKFZ* ; Ju, Y. S. ; Dentro, S.DKFZ* ; Kleshchevnikov, V. ; Vaskivskyi, V. ; Li, T. ; Bayraktar, O. A. ; Pinder, S. ; Richardson, A. L. ; Santagata, S. ; Campbell, P. J. ; Russnes, H. ; Gerstung, M.DKFZ* ; Nilsson, M. ; Yates, L. R.
Spatial genomics maps the structure, nature and evolution of cancer clones.
Nature <London> 611(7936), 594 - 602 (2022) [10.1038/s41586-022-05425-2]2022 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Preprint Murai, K. ; Dentro, S.Extern* ; Ong, S. H. ; Sood, R. ; Fernandez-Antoran, D. ; Herms, A. ; Kostiou, V. ; Hall, B. A. ; Gerstung, M.Extern* ; Jones, P. H.
p53 mutation in normal esophagus promotes multiple stages of carcinogenesis but is constrained by clonal competition
[10.1101/2022.02.03.478951] BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Demeulemeester, J. ; Dentro, S.Extern* ; Gerstung, M.Extern* ; Van Loo, P.
Biallelic mutations in cancer genomes reveal local mutational determinants.
Nature genetics 54(2), 128 - 133 (2022) [10.1038/s41588-021-01005-8]2022 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Dentro, S.Extern* ; Leshchiner, I. ; Haase, K. ; et al
Characterizing genetic intra-tumor heterogeneity across 2,658 human cancer genomes
Cell 184(8), 2239 - 2254.e39 (2021) [10.1016/j.cell.2021.03.009]2021 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Preprint Abby, E. ; Dentro, S.Extern* ; Hall, M. W. J. ; Fowler, J. C. ; Ong, S. H. ; Sood, R. ; Siebel, C. W. ; Gerstung, M.Extern* ; Hall, B. A. ; Jones, P. H.
Notch1 mutation drives clonal expansion in normal esophageal epithelium but impairs tumor growth
[10.1101/2021.06.18.448956] BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Preprint Lomakin, A.Extern* ; Svedlund, J. ; Strell, C. ; Gataric, M. ; Shmatko, A. ; Park, J. S. ; Ju, Y. S. ; Dentro, S.Extern* ; Kleshchevnikov, V. ; Vaskivskyi, V. ; Li, T. ; Bayraktar, O. A. ; Moore, L. ; Pinder, S. ; Richardson, A. L. ; Campbell, P. J. ; Gerstung, M.Extern* ; Nilsson, M. ; Yates, L. R.
Spatial genomics maps the structure, character and evolution of cancer clones
[10.1101/2021.04.16.439912] BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Colom, B. ; Herms, A. ; Hall, M. W. J. ; Dentro, S.Extern* ; King, C. ; Sood, R. K. ; Alcolea, M. P. ; Piedrafita, G. ; Fernandez-Antoran, D. ; Ong, S. H. ; Fowler, J. C. ; Mahbubani, K. T. ; Saeb-Parsy, K. ; Gerstung, M.Extern* ; Hall, B. A. ; Jones, P. H.
Mutant clones in normal epithelium outcompete and eliminate emerging tumours.
Nature <London> 598(7881), 510 - 514 (2021) [10.1038/s41586-021-03965-7]2021 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Fowler, J. C. ; King, C. ; Bryant, C. ; Hall, M. W. J. ; Sood, R. ; Ong, S. H. ; Earp, E. ; Fernandez-Antoran, D. ; Koeppel, J. ; Dentro, S.Extern* ; Shorthouse, D. ; Durrani, A. ; Fife, K. ; Rytina, E. ; Milne, D. ; Roshan, A. ; Mahububani, K. ; Saeb-Parsy, K. ; Hall, B. A. ; Gerstung, M. ; Jones, P. H.
Selection of Oncogenic Mutant Clones in Normal Human Skin Varies with Body Site.
Cancer discovery 11(2), 340 - 361 (2021) [10.1158/2159-8290.CD-20-1092]2021 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Anderson, N. D. ; Babichev, Y. ; Fuligni, F. ; Comitani, F. ; Layeghifard, M. ; Venier, R. E. ; Dentro, S.Extern* ; Maheshwari, A. ; Guram, S. ; Wunker, C. ; Thompson, J. D. ; Yuki, K. E. ; Hou, H. ; Zatzman, M. ; Light, N. ; Bernardini, M. Q. ; Wunder, J. S. ; Andrulis, I. L. ; Ferguson, P. ; Razak, A. R. A. ; Swallow, C. J. ; Dowling, J. J. ; Al-Awar, R. S. ; Marcellus, R. ; Rouzbahman, M. ; Gerstung, M.Extern* ; Durocher, D. ; Alexandrov, L. B. ; Dickson, B. C. ; Gladdy, R. A. ; Shlien, A.
Lineage-defined leiomyosarcoma subtypes emerge years before diagnosis and determine patient survival.
Nature Communications 12(1), 4496 (2021) [10.1038/s41467-021-24677-6]2021 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Ansari-Pour, N. ; Zheng, Y. ; Yoshimatsu, T. F. ; Sanni, A. ; Ajani, M. ; Reynier, J.-B. ; Tapinos, A. ; Pitt, J. J. ; Dentro, S.Extern* ; Woodard, A. ; Rajagopal, P. S. ; Fitzgerald, D. ; Gruber, A. J. ; Odetunde, A. ; Popoola, A. ; Falusi, A. G. ; Babalola, C. P. ; Ogundiran, T. ; Ibrahim, N. ; Barretina, J. ; Van Loo, P. ; Chen, M. ; White, K. P. ; Ojengbede, O. ; Obafunwa, J. ; Huo, D. ; Wedge, D. C. ; Olopade, O. I.
Whole-genome analysis of Nigerian patients with breast cancer reveals ethnic-driven somatic evolution and distinct genomic subtypes.
Nature Communications 12(1), 6946 (2021) [10.1038/s41467-021-27079-w]2021 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Li, C. H. ; Prokopec, S. D. ; Sun, R. X. ; et al
Sex differences in oncogenic mutational processes
Nature Communications 11(1), 4330 (2020) [10.1038/s41467-020-17359-2]2020 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Salcedo, A. ; Tarabichi, M. ; Espiritu, S. M. G. ; et al
A community effort to create standards for evaluating tumor subclonal reconstruction.
Nature biotechnology 38(1), 97 - 107 (2020) [10.1038/s41587-019-0364-z]2020 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Moore, L. ; Leongamornlert, D. ; Coorens, T. H. H. ; Sanders, M. A. ; Ellis, P. ; Dentro, S.Extern* ; Dawson, K. J. ; Butler, T. ; Rahbari, R. ; Mitchell, T. J. ; Maura, F. ; Nangalia, J. ; Tarpey, P. S. ; Brunner, S. F. ; Lee-Six, H. ; Hooks, Y. ; Moody, S. ; Mahbubani, K. T. ; Jimenez-Linan, M. ; Brosens, J. J. ; Iacobuzio-Donahue, C. A. ; Martincorena, I. ; Saeb-Parsy, K. ; Campbell, P. J. ; Stratton, M. R.
The mutational landscape of normal human endometrial epithelium.
Nature <London> 580(7805), 640 - 646 (2020) [10.1038/s41586-020-2214-z]2020 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Colom, B. ; Alcolea, M. P. ; Piedrafita, G. ; Hall, M. W. J. ; Wabik, A. ; Dentro, S.Extern* ; Fowler, J. C. ; Herms, A. ; King, C. ; Ong, S. H. ; Sood, R. K. ; Gerstung, M.Extern* ; Martincorena, I. ; Hall, B. A. ; Jones, P. H.
Spatial competition shapes the dynamic mutational landscape of normal esophageal epithelium.
Nature genetics 52(6), 604 - 614 (2020) [10.1038/s41588-020-0624-3]2020 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Bailey, M. H. ; Meyerson, W. U. ; Dursi, L. J. ; et al
Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples.
Nature Communications 11(1), 4748 (2020) [10.1038/s41467-020-18151-y]2020 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Watkins, T. B. K. ; Lim, E. L. ; Petkovic, M. ; et al
Pervasive chromosomal instability and karyotype order in tumour evolution.
Nature <London> 587(7832), 126-132 (2020) [10.1038/s41586-020-2698-6]2020 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Rodriguez-Martin, B. ; Alvarez, E. G. ; Baez-Ortega, A. ; et al
Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition.
Nature genetics 52(3), 306-319 (2020) [10.1038/s41588-019-0562-0]2020 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Preprint Dentro, S.Extern* ; Leshchiner, I. ; Haase, K. ; Tarabichi, M. ; Wintersinger, J. ; Deshwar, A. G. ; Yu, K. ; Rubanova, Y. ; Macintyre, G. ; Demeulemeester, J. ; Vázquez-García, I. ; Kleinheinz, K.DKFZ* ; Livitz, D. G. ; Malikic, S. ; Donmez, N. ; Sengupta, S. ; Anur, P. ; Jolly, C. ; Cmero, M. ; Rosebrock, D. ; Schumacher, S. ; Fan, Y. ; Fittall, M. ; Drews, R. M. ; Yao, X. ; Lee, J. ; Schlesner, M.DKFZ* ; Zhu, H. ; Adams, D. J. ; Getz, G. ; Boutros, P. C. ; Imielinski, M. ; Beroukhim, R. ; Sahinalp, S. C. ; Ji, Y. ; Peifer, M. ; Martincorena, I. ; Markowetz, F. ; Mustonen, V. ; Yuan, K. ; Gerstung, M.Extern* ; Spellman, P. T. ; Wang, W. ; Morris, Q. D. ; Wedge, D. C. ; Van Loo, P.
Characterizing genetic intra-tumor heterogeneity across 2,658 human cancer genomes
[10.1101/312041] BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article (Letter) Tarabichi, M. ; Martincorena, I. ; Gerstung, M.Extern* ; et al
Neutral tumor evolution?
Nature genetics 50(12), 1630 - 1633 (2018) [10.1038/s41588-018-0258-x]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Wedge, D. C. ; Gundem, G. ; Mitchell, T. ; et al
Sequencing of prostate cancers identifies new cancer genes, routes of progression and drug targets.
Nature genetics 50(5), 682 - 692 (2018) [10.1038/s41588-018-0086-z]2018 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Preprint Rodriguez-Martin, B. ; Alvarez, E. G. ; Baez-Ortega, A. ; et al
Pan-cancer analysis of whole genomes reveals driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition in human tumours
[10.1101/179705] BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Abbosh, C. ; Birkbak, N. J. ; Wilson, G. A. ; et al
Phylogenetic ctDNA analysis depicts early-stage lung cancer evolution.
Nature <London> 545(7655), 446 - 451 (2017) [10.1038/nature22364]2017 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Rabbie, R. ; Rashid, M. ; Arance, A. M. ; Sánchez, M. ; Tell-Marti, G. ; Potrony, M. ; Conill, C. ; van Doorn, R. ; Dentro, S.Extern* ; Gruis, N. A. ; Corrie, P. ; Iyer, V. ; Robles-Espinoza, C. D. ; Puig-Butille, J. A. ; Puig, S. ; Adams, D. J.
Genomic analysis and clinical management of adolescent cutaneous melanoma.
Pigment cell & melanoma research 30(3), 307 - 316 (2017) [10.1111/pcmr.12574]2017 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Jamal-Hanjani, M. ; Wilson, G. A. ; McGranahan, N. ; et al
Tracking the Evolution of Non-Small-Cell Lung Cancer.
The New England journal of medicine 376(22), 2109 - 2121 (2017) [10.1056/NEJMoa1616288]2017 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Dentro, S.Extern* ; Wedge, D. C. ; Van Loo, P.
Principles of Reconstructing the Subclonal Architecture of Cancers.
Cold Spring Harbor perspectives in medicine 7(8), a026625 - (2017) [10.1101/cshperspect.a026625]2017 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Linch, M. ; Goh, G. ; Hiley, C. ; Shanmugabavan, Y. ; McGranahan, N. ; Rowan, A. ; Wong, Y. N. S. ; King, H. ; Furness, A. ; Freeman, A. ; Linares, J. ; Akarca, A. ; Herrero, J. ; Rosenthal, R. ; Harder, N. ; Schmidt, G. ; Wilson, G. A. ; Birkbak, N. J. ; Mitter, R. ; Dentro, S.Extern* ; Cathcart, P. ; Arya, M. ; Johnston, E. ; Scott, R. ; Hung, M. ; Emberton, M. ; Attard, G. ; Szallasi, Z. ; Punwani, S. ; Quezada, S. A. ; Marafioti, T. ; Gerlinger, M. ; Ahmed, H. U. ; Swanton, C.
Intratumoural evolutionary landscape of high-risk prostate cancer: the PROGENY study of genomic and immune parameters.
Annals of oncology 28(10), 2472 - 2480 (2017) [10.1093/annonc/mdx355]2017 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article McGranahan, N. ; Rosenthal, R. ; Hiley, C. T. ; et al
Allele-Specific HLA Loss and Immune Escape in Lung Cancer Evolution
Cell 171(6), 1259 - 1271.e11 (2017) [10.1016/j.cell.2017.10.001]2017 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Sandhu, V. ; Wedge, D. C. ; Bowitz Lothe, I. M. ; Labori, K. J. ; Dentro, S.Extern* ; Buanes, T. ; Skrede, M. L. ; Dalsgaard, A. M. ; Munthe, E. ; Myklebost, O. ; Lingjærde, O. C. ; Børresen-Dale, A.-L. ; Ikdahl, T. ; Van Loo, P. ; Nord, S. ; Kure, E. H.
The Genomic Landscape of Pancreatic and Periampullary Adenocarcinoma.
Cancer research 76(17), 5092 - 5102 (2016) [10.1158/0008-5472.CAN-16-0658]2016 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Journal Article Ameziane, N. ; Sie, D. ; Dentro, S.Extern* ; Ariyurek, Y. ; Kerkhoven, L. ; Joenje, H. ; Dorsman, J. C. ; Ylstra, B. ; Gille, J. J. P. ; Sistermans, E. A. ; de Winter, J. P.
Diagnosis of fanconi anemia: mutation analysis by next-generation sequencing.
Anemia 2012, 1 - 7 (2012) [10.1155/2012/132856]2012 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

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