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Research

Publications of Molecular Genetics

2022

Zapatka, M. (First author) ; Tausch, E. ; Öztürk, S. ; Yosifov, D. Y. ; Seiffert, M. ; Zenz, T. ; Schneider, C. ; Blöhdorn, J. ; Döhner, H. ; Mertens, D. ; Lichter, P. ; Stilgenbauer, S.
Clonal evolution in chronic lymphocytic leukemia is scant in relapsed but accelerated in refractory cases after chemo(immune)therapy.
Haematologica 107(3), 604-614 (2022) [10.3324/haematol.2020.265777]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Alhalabi, O. (First author) ; Fletcher, M. N. C. ; Hielscher, T. ; Kessler, T. ; Lokumcu, T. ; Baumgartner, U. ; Wittmann, E. ; Schlue, S. ; Göttmann, M. ; Rahman, S. ; Hai, L. ; Hansen-Palmus, L. ; Puccio, L. ; Nakano, I. ; Herold-Mende, C. ; Day, B. W. ; Wick, W. ; Sahm, F. ; Phillips, E. ; Goidts, V. (Last author)
A novel patient stratification strategy to enhance the therapeutic efficacy of dasatinib in glioblastoma.
Neuro-Oncology 24(1), 39-51 (2022) [10.1093/neuonc/noab158]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Öztürk-Ince, S. (First author) ; Paul, Y. (First author) ; Afzal, S. ; Gil-Farina, I. ; Jauch, A. ; Bruch, P.-M. ; Kalter, V. ; Hanna, B. ; Arseni, L. ; Roessner, P. M. ; Schmidt, M. ; Stilgenbauer, S. ; Dietrich, S. ; Lichter, P. ; Zapatka, M. ; Seiffert, M. (Last author)
Longitudinal analyses of CLL in mice identify leukemia-related clonal changes including a Myc gain predicting poor outcome in patients.
Leukemia 36, 464?475 (2022) [10.1038/s41375-021-01381-4]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Jebaraj, B. M. C. ; Müller, A. ; Dheenadayalan, R. P. ; Endres, S. ; Roessner, P. M. ; Seyfried, F. ; Walliser, C. ; Wist, M. ; Qi, J. ; Tausch, E. ; Mertens, D. ; Fox, J. A. ; Debatin, K.-M. ; Meyer, L. H. ; Taverna, P. ; Seiffert, M. ; Gierschik, P. ; Stilgenbauer, S.
Evaluation of vecabrutinib as a model for non-covalent BTK/ITK inhibition for treatment of chronic lymphocytic leukemia.
Blood 139(6), 859-875 (2022) [10.1182/blood.2021011516]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Wong, J. K. L. (First author) ; Aichmüller, C. ; Schulze, M. ; Hlevnjak, M. ; Elgaafary, S. ; Lichter, P. (Last author) ; Zapatka, M. (Last author)
Association of mutation signature effectuating processes with mutation hotspots in driver genes and non-coding regions.
Nature Communications 13(1), 178 (2022) [10.1038/s41467-021-27792-6]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Moussay, E. ; Seiffert, M. ; Paggetti, J.
Editorial: New Insights Into the Complexity of Tumor Immunology in B-Cell Malignancies: Prognostic and Predictive Biomarkers and Therapy.
Frontiers in oncology 11, 841763 (2022) [10.3389/fonc.2021.841763]2022 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Seiffert, M. (First author) ; Moussay, E. ; Paggetti, J.
Editorial: New Insights into the Complexity of Tumor Immunology in B-cell Malignancies: Tumor Immunology and Immunotherapy.
Frontiers in oncology 12, 853620 (2022) [10.3389/fonc.2022.853620]2022 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Adlhart, M. ; Poetsch, F. ; Hlevnjak, M. ; Hoogmoed, M. ; Polyansky, A. A. ; Zagrovic, B.
Compositional complementarity between genomic RNA and coat proteins in positive-sense single-stranded RNA viruses.
Nucleic acids research 50(7), 4054-4067 (2022) [10.1093/nar/gkac202]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Tausch, E. ; Ljungström, V. ; Agathangelidis, A. ; Zapatka, M. ; Scarfò, L. ; Jebaraj, B. M. C. ; Yosifov, D. ; Müller, A. ; Munugalavadla, V. ; Degenhardt, J. D. ; Ghia, P. ; Rosenquist, R. ; Stilgenbauer, S.
Secondary resistance to idelalisib is characterized by upregulation of IGF1R rather than MAPK/ERK pathway mutations.
Blood 139(22), 3340-3344 (2022) [10.1182/blood.2021014550]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Wolf, C. (First author) ; Maus, C. ; Persicke, M. ; Filarsky, K. ; Tausch, E. ; Schneider, C. ; Döhner, H. ; Stilgenbauer, S. ; Lichter, P. ; Höfer, T. ; Mertens, D. (Last author)
Modeling the B-cell receptor signaling on single cell level reveals a stable network circuit topology between non-malignant B cells and chronic lymphocytic leukemia cells and between untreated cells and cells treated with kinase inhibitors.
International journal of cancer 151(5), 783-796 (2022) [10.1002/ijc.34112]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Radke, J. ; Ishaque, N. ; Koll, R. ; et al
The genomic and transcriptional landscape of primary central nervous system lymphoma.
Nature Communications 13(1), 2558 (2022) [10.1038/s41467-022-30050-y]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Khalid, U. (First author) ; Simovic, M. ; Hammann, L. A. ; Iskar, M. ; Wong, J. K. L. ; Kumar, R. ; Jugold, M. ; Sill, M. ; Bolkestein, M. ; Kolb, T. ; Hergt, M. ; Devens, F. ; Ecker, J. ; Kool, M. ; Milde, T. ; Westermann, F. ; Benner, A. ; Lewis, J. ; Dietrich, S. ; Pfister, S. M. ; Lichter, P. ; Zapatka, M. ; Ernst, A. (Last author)
A synergistic interaction between HDAC- and PARP inhibitors in childhood tumors with chromothripsis.
International journal of cancer 151(4), 590-606 (2022) [10.1002/ijc.34027]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Casati, B. (First author) ; Verdi, J. P. ; Hempelmann, A. ; Kittel, M. ; Klaebisch, A. G. ; Meister, B. ; Welker, S. ; Asthana, S. ; Di Giorgio, S. ; Boskovic, P. ; Man, K. H. ; Schopp, M. ; Ginno, P. A. ; Radlwimmer, B. ; Stebbins, C. E. ; Miethke, T. ; Papavasiliou, F. (Last author) ; Pecori, R. (Last author)
Rapid, adaptable and sensitive Cas13-based COVID-19 diagnostics using ADESSO.
Nature Communications 13(1), 3308 (2022) [10.1038/s41467-022-30862-y]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Jaber, M. ; Radwan, A. ; Loyfer, N. ; Abdeen, M. ; Sebban, S. ; Khatib, A. ; Yassen, H. ; Kolb, T. ; Zapatka, M. ; Makedonski, K. ; Ernst, A. ; Kaplan, T. ; Buganim, Y.
Comparative parallel multi-omics analysis during the induction of pluripotent and trophectoderm states.
Nature Communications 13(1), 3475 (2022) [10.1038/s41467-022-31131-8]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Bartl, J. ; Zanini, M. ; Bernardi, F. ; Forget, A. ; Blümel, L. ; Talbot, J. ; Picard, D. ; Qin, N. ; Cancila, G. ; Gao, Q. ; Nath, S. ; Koumba, I. M. ; Wolter, M. ; Kuonen, F. ; Langini, M. ; Beez, T. ; Munoz, C. ; Pauck, D. ; Marquardt, V. ; Yu, H. ; Souphron, J. ; Korsch, M. ; Mölders, C. ; Berger, D. ; Göbbels, S. ; Meyer, F.-D. ; Scheffler, B. ; Rotblat, B. ; Diederichs, S. ; Ramaswamy, V. ; Suzuki, H. ; Oro, A. ; Stühler, K. ; Stefanski, A. ; Fischer, U. ; Leprivier, G. ; Willbold, D. ; Steger, G. ; Buell, A. ; Kool, M. ; Lichter, P. ; Pfister, S. ; Northcott, P. A. ; Taylor, M. D. ; Borkhardt, A. ; Reifenberger, G. ; Ayrault, O. ; Remke, M.
The HHIP-AS1 lncRNA promotes tumorigenicity through stabilization of dynein complex 1 in human SHH-driven tumors.
Nature Communications 13(1), 4061 (2022) [10.1038/s41467-022-31574-z]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Möhrmann, L. ; Werner, M. ; Ole?, M. ; Mock, A. ; Uhrig, S. ; Jahn, A. ; Kreutzfeldt, S. ; Fröhlich, M. ; Hutter, B. ; Paramasivam, N. ; Richter, D. ; Beck, K. ; Winter, U. ; Pfütze, K. ; Heilig, C. ; Teleanu, V. ; Lipka, D. ; Zapatka, M. ; Hanf, D. ; List, C. ; Allgäuer, M. ; Penzel, R. ; Rüter, G. ; Jelas, I. ; Hamacher, R. ; Falkenhorst, J. ; Wagner, S. ; Brandts, C. H. ; Börries, M. ; Illert, A. L. ; Metzeler, K. H. ; Westphalen, C. B. ; Desuki, A. ; Kindler, T. ; Folprecht, G. ; Weichert, W. ; Brors, B. ; Stenzinger, A. ; Schröck, E. ; Hübschmann, D. ; Horak, P. ; Heining, C. ; Fröhling, S. (Last author) ; Glimm, H.
Comprehensive genomic and epigenomic analysis in cancer of unknown primary guides molecularly-informed therapies despite heterogeneity.
Nature Communications 13(1), 4485 (2022) [10.1038/s41467-022-31866-4]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Patil, P. ; Toprak, U. H. ; Seufert, J. ; Braun, T. ; Bernhart, S. H. ; Wiehle, L. ; Müller, A. ; Schlesner, M. ; Herling, M. ; Lichter, P. ; Stilgenbauer, S. ; Siebert, R. ; Zapatka, M. (Last author)
Exploration of whole genome and transcriptome sequencing data lacks evidence for oncogenic viral elements to drive the pathogenesis of T-cell prolymphocytic leukemia
Leukemia and lymphoma 63(13), 3253-3256 (2022) [10.1080/10428194.2022.2116933]2022 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Francois, L. (First author) ; Boskovic, P. (First author) ; Knerr, J. ; He, W. ; Sigismondo, G. ; Schwan, C. ; More, T. H. ; Schlotter, M. ; Krijgsveld, J. ; Hiller, K. ; Grosse, R. ; Lichter, P. ; Radlwimmer, B. (Last author)
BCAT1 redox function maintains mitotic fidelity.
Cell reports 41(3), 111524 (2022) [10.1016/j.celrep.2022.111524]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Herbst, S. A. ; Vesterlund, M. ; Helmboldt, A. J. ; Jafari, R. ; Siavelis, I. ; Stahl, M. ; Schitter, E. C. ; Liebers, N. ; Brinkmann, B. J. ; Czernilofsky, F. ; Roider, T. ; Bruch, P.-M. ; Iskar, M. ; Kittai, A. ; Huang, Y. ; Lu, J. ; Richter, S. ; Mermelekas, G. ; Umer, H. M. ; Knoll, M. ; Kolb, C. ; Lenze, A. ; Cao, X. ; Österholm, C. ; Wahnschaffe, L. ; Herling, C. ; Scheinost, S. ; Ganzinger, M. ; Mansouri, L. ; Kriegsmann, K. ; Kriegsmann, M. ; Anders, S. ; Zapatka, M. ; Del Poeta, G. ; Zucchetto, A. ; Bomben, R. ; Gattei, V. ; Dreger, P. ; Woyach, J. ; Herling, M. ; Müller-Tidow, C. ; Rosenquist, R. ; Stilgenbauer, S. ; Zenz, T. ; Huber, W. ; Tausch, E. ; Lehtiö, J. ; Dietrich, S.
Proteogenomics refines the molecular classification of chronic lymphocytic leukemia.
Nature Communications 13(1), 6226 (2022) [10.1038/s41467-022-33385-8]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Pixberg, C. ; Zapatka, M. (First author) ; Hlevnjak, M. (First author) ; Benedetto, S. ; Suppelna, J. P. ; Heil, J. ; Smetanay, K. ; Michel, L. ; Fremd, C. ; Körber, V. ; Rübsam, M. ; Buschhorn, L. ; Heublein, S. ; Schäfgen, B. ; Golatta, M. ; Gomez, C. ; von Au, A. ; Wallwiener, M. ; Wolf, S. ; Dikow, N. ; Schaaf, C. ; Gutjahr, E. ; Allgäuer, M. ; Stenzinger, A. ; Pfütze, K. ; Kirsten, R. ; Hübschmann, D. ; Sinn, H.-P. ; Jäger, D. ; Trumpp, A. ; Schlenk, R. ; Höfer, T. ; Thewes, V. ; Schneeweiss, A. ; Lichter, P. (Last author)
COGNITION: a prospective precision oncology trial for patients with early breast cancer at high risk following neoadjuvant chemotherapy.
ESMO open 7(6), 100637 (2022) [10.1016/j.esmoop.2022.100637]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Rubanova, Y. ; Shi, R. ; Harrigan, C. F. ; et al
Author Correction: Reconstructing evolutionary trajectories of mutation signature activities in cancer using TrackSig
Nature Communications 13(1), 7567 (2022) [10.1038/s41467-022-32336-7]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Shuai, S. ; Abascal, F. ; Amin, S. B. ; et al
Author Correction: Combined burden and functional impact tests for cancer driver discovery using DriverPower
Nature Communications 13(1), 7571 (2022) [10.1038/s41467-022-32343-8]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Cmero, M. ; Yuan, K. ; Ong, C. S. ; et al
Author Correction: Inferring structural variant cancer cell fraction
Nature Communications 13(1), 7568 (2022) [10.1038/s41467-022-32338-5]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Jiao, W. ; Atwal, G. ; Polak, P. ; et al
Author Correction: A deep learning system accurately classifies primary and metastatic cancers using passenger mutation patterns
Nature Communications 13(1), 7573 (2022) [10.1038/s41467-022-32329-6]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Paczkowska, M. ; Barenboim, J. ; Sintupisut, N. ; et al
Author Correction: Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data
Nature Communications 13(1), 7570 (2022) [10.1038/s41467-022-32342-9]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Zhang, Y. ; Chen, F. ; Fonseca, N. A. ; et al
Author Correction: High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations
Nature Communications 13(1), 7572 (2022) [10.1038/s41467-022-32333-w]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Bhandari, V. ; Li, C. H. ; Bristow, R. G. ; et al
Author Correction: Divergent mutational processes distinguish hypoxic and normoxic tumours
Nature Communications 13(1), 7569 (2022) [10.1038/s41467-022-32339-4]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Reyna, M. A. ; Haan, D. ; Paczkowska, M. ; et al
Author Correction: Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes
Nature Communications 13(1), 7566 (2022) [10.1038/s41467-022-32334-9]2022 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

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