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Bioinformatik der Genomik und Systemgenetik

  • Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
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Prof. Dr. Oliver Stegle

Division Head

Unsere Forschungsgruppe entwickelt computergestützte Methoden, um molekulare Variationen zu analysieren und ihre Auswirkungen auf phänotypische Merkmale, wie die Entstehung von Krebs, besser zu verstehen.

Unsere Forschung

Wie beeinflusst unsere Genetik äußere Merkmale und wie verursacht sie Krebs? Wie werden genetische Faktoren und Umweltfaktoren auf verschiedenen molekularen Ebenen integriert, und wie variabel sind molekulare Zustände zwischen einzelnen Zellen?

Wir nutzen statistische Inferenz und maschinelles Lernen als unsere Hauptwerkzeuge, um diese wissenschaftlichen Fragen zu beantworten. Wachsende Stichprobengrößen und technologische Fortschritte erfordern neue analytische Strategien und Werkzeuge, die auf Datensätze mit Millionen von Beobachtungen skalieren und räumliche sowie zeitliche Abhängigkeiten berücksichtigen. Wir entwickeln grundlegende Methoden in Statistik und maschinellem Lernen, darunter effiziente Parameterinferenz in Modellen zur Untersuchung genetischer Assoziationen und Methoden zur Dimensionsreduktion.

Forschungsthemen

Wir entwickeln statistische Methoden, um häufig übersehene Dimensionen der Genotyp-Phänotyp-Beziehung zu analysieren, einschließlich der genetischen Auswirkungen seltener Varianten und indirekter genetischer Effekte.

Team

Wir sind ein interdisziplinäres und internationales Team, das gemeinsam am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) und dem Europäischen Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) in Heidelberg angesiedelt ist. In unserem Team fördern wir Offenheit und Zusammenarbeit und legen Wert auf Freundlichkeit in allem, was wir tun. Wir sind stolz auf jedes einzelne Mitglied und dessen Leistungen und setzen uns mit Begeisterung für die wissenschaftliche Weiterentwicklung unseres Teams ein.

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    Prof. Dr. Oliver Stegle

    Division Head

  • Rama Abdulhamid

  • Alexander Aivazidis

  • Thibault Bechtler

  • Eva Sabine Blum

  • Dr. Brian Clarke

  • Letizia De Pietri

  • Daniel Dimitrov

  • Kevin Domanegg

  • Katyayni Ganesan

  • Tobias Graf

  • Fritz Donald Hansen

  • John Andrew Hawkins

  • Eva Holtkamp

  • Paul Kägy

  • Dr. Ilia Kats

  • Sameesh Kher

  • Thomas Kono

  • Jonathan Kunz

  • Dr. Santiago Lago

  • Jiawei Luo

  • Stefanie Mantz

  • Luca Marconato

  • Kayla Meyer

  • Katharina Mikulik

  • Abdul Moeed

  • Marcel Mück

  • Mani Smaran Nair

  • Dr. Hakime Öztürk

  • Ahmet Rifaioglu

  • Martin Rohbeck

  • Manu Saraswat

  • Felix Schneider

  • Stefan Schrod

  • Dr. Daniel Schütte

  • Dr. Roland Schwarz

  • Nicolas Toulouse

  • Danai Vagiaki

  • Florin Walter

  • Mehmet Seyit Zor

Gesamtes Team

Offene Stellen

Wir sind stets auf der Suche nach neuen Talenten, um unser Team zu verstärken!

Wenn Sie sich für eine Postdoktoranden oder Doktorandenstelle in unserer Gruppe bewerben möchten, verweisen wir Sie auf das DKFZ Postdoctoral Fellowship und das DKFZ International PhD Programme.
Sollten Sie sich nicht über eine der oben genannten spezifischen Ausschreibungen bewerben, können Sie Ihren Lebenslauf, ein Motivationsschreiben und idealerweise 2 Referenzen in einem einzigen PDF direkt an Oliver Stegle senden.

Wir freuen uns außerdem, Ihnen die Möglichkeit zu bieten, Ihre Bachelor- oder Masterarbeit oder ein Praktikum in unserem Labor durchzuführen. Wenn Sie Interesse haben, kontaktieren Sie uns bitte mit einem Lebenslauf und einem auf die Interessen unseres Labors zugeschnittenen Motivationsschreiben.

Ausgewählte Publikationen

2024 - Nature Genetics

Clarke, B., Holtkamp, E., Öztürk, H., Mück, M., Wahlberg, M., Meyer, K., Munzlinger, F., Brechtmann, F., Hölzlwimmer, F. R., Lindner, J., Chen, Z., Gagneur, J., & Stegle, O.

2024 - Nature Methods

Marconato, L., Palla, G. , Yamauchi, K. A. , Virshup, I., Heidari, E., Treis, T., Toth, M., Shrestha, R. B., Vöhringer, H., Huber, W., Gerstung, M., Moore, J., Theis, F. J. , & Stegle, O.

2022 - Nature Biotechnology

Kleshchevnikov, V., Shmatko, A., Dann, E., Aivazidis, A., King, H. W., Li, T., Elmentaite, R., Lomakin, A., Kedlian, V., Gayoso, A., Jain, M. S., Park, J. S., Ramona, L., Tuck, E., Arutyunyan, A., Vento-Tormo, R., Gerstung, M., James, L., Stegle, O., Bayraktar, O. A.

2022 - Nature Methods

Velten, B., Braunger, J.M., Argelaguet, R., Arnol, D., Wirbel, J., Bredikhin, D., Zeller, G., Stegle, O

2021 - Nature Genetics

Jerber, J., Seaton, D. D., Cuomo, A. S. E., Kumasaka, N., Haldane, J., Steer, J., Patel, M., Pearce, D., Andersson, M., Bonder, M. J., Mountjoy, E., Ghoussaini, M., Lancaster, M. A., Marioni, J. C., Merkle, F. T., Gaffney, D. J., & Stegle, O.

2021 - Nature Genetics

Bonder, M. J., Smail, C., Gloudemans, M. J., Frésard, L., Jakubosky, D., D’Antonio, M., Li, X., Ferraro, N. M., Carcamo-Orive, I., Mirauta, B., Seaton, D. D., Cai, N., Vakili, D., Horta, D., Zhao, C., Zastrow, D. B., Bonner, D. E., Wheeler, M. T., Kilpinen, H., … , Stegle, O.

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Administrative Assistant
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Scientific Manager
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