Künstliche Intelligenz in der Onkologie
- Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
Prof. Dr. Moritz Gerstung
Group Leader
Das Gerstung-Labor untersucht mithilfe von KI und Big Data, wie Tumore wachsen und sich im Laufe der Zeit verändern.
Bild: Group logo for B450, © dkfz.de
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Unsere Forschung
Krebs entsteht nach den Regeln der Evolution - Mutation und Selektion. Dennoch ist wenig bekannt über den zeitlichen Ablauf dieser Prozesse, die Mechanismen, durch die Mutationen das Wachstum von Krebszellen verursachen, und darüber, wie man den zukünftigen Verlauf dieses Prozesses am besten vorhersagen und beeinflussen kann.
Ein detailliertes Verständnis dieser Prozesse erfordert die Kenntnis großer Informationsmengen auf verschiedenen Ebenen. Das Genom einer Zelle besteht aus sechs Milliarden DNA Basenpaaren. Tausende von genetischen und epigenetischen Veränderungen der DNA führen zu einer Reihe von molekularen Veränderungen in jeder einzelnen Zelle. Darüber hinaus sind Tumoren ein Ökosystem aus Milliarden mutierter und normaler Zellen, die über zelluläre Kontakte und Signalmoleküle miteinander interagieren.
Die Erfassung und Modellierung dieser Informationen erfordert daher spezielle Algorithmen des maschinellen Lernens und der künstlichen Intelligenz. Unser Hauptaugenmerk liegt auf der Entwicklung solcher Algorithmen und der Durchführung groß angelegter Datenanalysen zum Verständnis der Krebsevolution. Die Abteilung trägt auch dazu bei, genomische und molekulare Daten mit Einzelzell- und räumlicher Auflösung zu generieren, diese Daten bilden die Grundlage unserer Forschung.
Zu den spezifischen Forschungsprojekten der Abteilung gehört die Einrichtung einer neuen raumauflösenden Genomikplattform für die Datenerzeugung und -analyse. Dies wird ein entscheidender Faktor für die Entschlüsselung der Krebsevolution sein und die Geheimnisse des Ökosystems Krebs lüften. Darüber hinaus untersuchen wir, wie unser Wissen über den natürlichen Verlauf und die Entstehung von Krebs für die Früherkennung und die Krebsprävention genutzt werden kann. Schließlich beschäftigen wir uns mit der Entstehung von Mutationen in einzelnen Zellen, um die allerersten Schritte der Krebsentwicklung zu verstehen.
Unser Team
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Prof. Dr. Moritz Gerstung
Group Leader
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Anna Mathioudaki
PostDoc
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Darui Jin
PostDoc
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Gleb Rukhovich
Bioinformatician
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Nina Wilhelm
Lab Technician
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Lilla Pecori
Secretary
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Eileen Haage
Secretary
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Domenico Calafato
PhD Student
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Shuyang Fan
PhD Student
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Elyas Heidari
PhD Student
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Heng Luo
PhD Student
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Dr. Michael Ritter
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Samuel Philippe Rutz
PhD Student
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Zaira Seferbekova
PhD Student
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Artem Shmatko
PhD Student
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Fengyun Yu
Master's Student
Freunde aus anderen Laboren
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Areeba Jamilkhan Patel
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Eleonore Boiral
PhD Student
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Ian Dirk Fichtner
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Dr. Clémence Henon
Post-Doc
Ausgewählte Publikationen
Multi-cancer risk stratification based on national health data: a retrospective modelling and validation study
AW Jung, PC Holm, K Gaurav, JX Hjaltelin, D Placido, LH Mortensen, et al.
Learning the natural history of human disease with generative transformers
A Shmatko, AW Jung, K Gaurav, S Brunak, L Mortensen, E Birney, et al.
Stefan C. Dentro, Sara Vidal-Notari, Swee Hoe Ong, Bartomeu Colom, Kasumi Murai, Charlotte King, Krishnaa Mahbubani, Kourosh Saeb-Parsy, Alan R. Lowe, Moritz Gerstung, et al.
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