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Research

Publications of Molecular Genetics

2019

Hanna, B. (First author) ; Roessner, P. M. ; Yazdanparast, H. ; Colomer, D. ; Campo, E. ; Kugler, S. ; Yosifov, D. ; Stilgenbauer, S. ; Schmidt, M. ; Gabriel, R. ; Lichter, P. ; Seiffert, M. (Last author)
Control of chronic lymphocytic leukemia development by clonally-expanded CD8+ T-cells that undergo functional exhaustion in secondary lymphoid tissues.
Leukemia 33(3), 625-637 (2019) [10.1038/s41375-018-0250-6]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Korshunov, A. (First author) ; Sahm, F. ; Zheludkova, O. ; Golanov, A. ; Stichel, D. ; Schrimpf, D. ; Ryzhova, M. ; Potapov, A. ; Habel, A. ; Meyer, J. ; Lichter, P. ; Jones, D. ; von Deimling, A. ; Pfister, S. ; Kool, M. (Last author)
DNA-methylation profiling is a method of choice for molecular verification of pediatric WNT activated medulloblastomas.
Neuro-Oncology 21(2), 214-221 (2019) [10.1093/neuonc/noy155]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Lee-Vergés, E. ; Hanna, B. ; Yazdanparast, H. ; Rodríguez, V. ; Rodríguez, M. L. ; Giró, A. ; Vidal-Crespo, A. ; Rosich, L. ; Amador, V. ; Aymerich, M. ; Villamor, N. ; Delgado, J. ; Lichter, P. ; Pérez-Galán, P. ; López-Guerra, M. ; Campo, E. ; Seiffert, M. ; Colomer, D.
Selective BTK inhibition improves bendamustine therapy response and normalizes immune effector functions in chronic lymphocytic leukemia.
International journal of cancer 144(11), 2762-2773 (2019) [10.1002/ijc.32010]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Erkek, S. (First author) ; Johann, P. (First author) ; Finetti, M. A. ; Drosos, Y. ; Chou, H.-C. ; Zapatka, M. ; Sturm, D. ; Jones, D. ; Korshunov, A. ; Rhyzova, M. ; Wolf, S. ; Mallm, J.-P. ; Beck, K. ; Witt, O. ; Kulozik, A. E. ; Frühwald, M. C. ; Northcott, P. A. ; Korbel, J. O. ; Lichter, P. ; Eils, R. ; Gajjar, A. ; Roberts, C. W. M. ; Williamson, D. ; Hasselblatt, M. ; Chavez, L. (Last author) ; Pfister, S. (Last author) ; Kool, M. (Last author)
Comprehensive Analysis of Chromatin States in Atypical Teratoid/Rhabdoid Tumor Identifies Diverging Roles for SWI/SNF and Polycomb in Gene Regulation.
Cancer cell 35(1), 95 - 110.e8 (2019) [10.1016/j.ccell.2018.11.014]2019 pmc Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Lee, C. ; Rudneva, V. A. ; Erkek, S. ; Zapatka, M. ; Chau, L. Q. ; Tacheva-Grigorova, S. K. ; Garancher, A. ; Rusert, J. M. ; Aksoy, O. ; Lea, R. ; Mohammad, H. P. ; Wang, J. ; Weiss, W. A. ; Grimes, H. L. ; Pfister, S. M. ; Northcott, P. A. ; Wechsler-Reya, R. J.
Lsd1 as a therapeutic target in Gfi1-activated medulloblastoma.
Nature Communications 10(1), 332 (2019) [10.1038/s41467-018-08269-5]2019 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Korshunov, A. (First author) ; Casalini, B. ; Chavez, L. ; Hielscher, T. ; Sill, M. ; Ryzhova, M. ; Sharma, T. ; Schrimpf, D. ; Stichel, D. ; Capper, D. ; Reuss, D. E. ; Sturm, D. ; Absalyamova, O. ; Golanov, A. ; Lambo, S. ; Bewerunge-Hudler, M. ; Lichter, P. ; Herold-Mende, C. ; Wick, W. ; Pfister, S. ; Kool, M. ; Jones, D. ; von Deimling, A. ; Sahm, F. (Last author)
Integrated molecular characterization of IDH-mutant glioblastomas.
Neuropathology & applied neurobiology 45(2), 108 - 118 (2019) [10.1111/nan.12523]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Brennich, M. E. ; Vainio, U. ; Wedig, T. ; Bauch, S. ; Herrmann, H. ; Köster, S.
Mutation-induced alterations of intra-filament subunit organization in vimentin filaments revealed by SAXS.
Soft matter 15(9), 1999 - 2008 (2019) [10.1039/C8SM02281J]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Buhl, J. L. (First author) ; Selt, F. ; Hielscher, T. ; Guiho, R. ; Ecker, J. ; Sahm, F. ; Ridinger, J. ; Riehl, D. ; Usta, D. ; Ismer, B. ; Sommerkamp, A. C. ; Martinez-Barbera, J. P. ; Wefers, A. K. ; Remke, M. ; Picard, D. ; Pusch, S. ; Gronych, J. ; Oehme, I. ; van Tilburg, C. M. ; Kool, M. ; Kuhn, D. ; Capper, D. ; von Deimling, A. ; Schuhmann, M. U. ; Herold-Mende, C. ; Korshunov, A. ; Brummer, T. ; Pfister, S. ; Jones, D. ; Witt, O. ; Milde, T. (Last author)
The Senescence-associated Secretory Phenotype Mediates Oncogene-induced Senescence in Pediatric Pilocytic Astrocytoma.
Clinical cancer research 25(6), 1851 - 1866 (2019) [10.1158/1078-0432.CCR-18-1965]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Fremd, C. ; Hlevnjak, M. ; Zapatka, M. ; Zoernig, I. ; Halama, N. ; Fejzibegovic, N. ; Thewes, V. ; Lichter, P. ; Schirmacher, P. ; Kloor, M. ; Marmé, F. ; Schütz, F. ; Kosaloglu, Z. ; Sinn, H. P. ; Jäger, D. ; Schneeweiss, A.
Mismatch Repair Deficiency Drives Durable Complete Remission by Targeting Programmed Death Receptor 1 in a Metastatic Luminal Breast Cancer Patient
Breast care 14(1), 53 - 59 (2019) [10.1159/000492580]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

López, C. ; Kleinheinz, K. (First author) ; Aukema, S. M. ; et al
Genomic and transcriptomic changes complement each other in the pathogenesis of sporadic Burkitt lymphoma.
Nature Communications 10(1), 1459 (2019) [10.1038/s41467-019-08578-3]2019 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Körber, V. (First author) ; Yang, J. ; Barah, P. ; Wu, Y. ; Stichel, D. ; Gu, Z. ; Fletcher, M. ; Jones, D. ; Hentschel, B. ; Lamszus, K. ; Tonn, J. C. ; Schackert, G. ; Sabel, M. ; Felsberg, J. ; Zacher, A. ; Kaulich, K. ; Hübschmann, D. ; Herold-Mende, C. ; von Deimling, A. ; Weller, M. ; Radlwimmer, B. ; Schlesner, M. ; Reifenberger, G. ; Höfer, T. ; Lichter, P. (Last author)
Evolutionary Trajectories of IDHWT Glioblastomas Reveal a Common Path of Early Tumorigenesis Instigated Years ahead of Initial Diagnosis.
Cancer cell 35(4), 692-704 (2019) [10.1016/j.ccell.2019.02.007]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Korshunov, A. (First author) ; Sahm, F. ; Okonechnikov, K. ; Ryzhova, M. ; Stichel, D. ; Schrimpf, D. ; Casalini, B. ; Sievers, P. ; Meyer, J. ; Zheludkova, O. ; Golanov, A. ; Lichter, P. ; Jones, D. ; Pfister, S. ; Kool, M. ; von Deimling, A. (Last author)
Desmoplastic/nodular medulloblastomas (DNMB) and medulloblastomas with extensive nodularity (MBEN) disclose similar epigenetic signatures but different transcriptional profiles.
Acta neuropathologica 137(6), 1003-1015 (2019) [10.1007/s00401-019-01981-6]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Hanna, B. (First author) ; Roessner, P. M. ; Scheffold, A. ; Jebaraj, B. M. C. ; Demerdash, Y. ; Öztürk, S. ; Lichter, P. ; Stilgenbauer, S. ; Seiffert, M. (Last author)
PI3K? inhibition modulates regulatory and effector T-cell differentiation and function in chronic lymphocytic leukemia.
Leukemia 33(6), 1427-1438 (2019) [10.1038/s41375-018-0318-3]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Korshunov, A. (First author) ; Okonechnikov, K. ; Sahm, F. ; Ryzhova, M. ; Stichel, D. ; Sievers, P. ; Meyer, J. ; Schrimpf, D. ; Zheludkova, O. ; Golanov, A. ; Lichter, P. ; Jones, D. T. W. ; Pfister, S. M. ; von Deimling, A. ; Kool, M. (Last author)
Molecular progression of SHH-activated medulloblastomas.
Acta neuropathologica 138(2), 327-330 (2019) [10.1007/s00401-019-02022-y]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Pfaff, E. (First author) ; El Damaty, A. ; Balasubramanian, G. P. ; Blattner-Johnson, M. ; Worst, B. C. ; Stark, S. ; Witt, H. ; Pajtler, K. W. ; van Tilburg, C. M. ; Witt, R. ; Milde, T. ; Jakobs, M. ; Fiesel, P. ; Frühwald, M. C. ; Hernáiz Driever, P. ; Thomale, U. W. ; Schuhmann, M. U. ; Metzler, M. ; Bochennek, K. ; Simon, T. ; Dürken, M. ; Karremann, M. ; Knirsch, S. ; Ebinger, M. ; von Bueren, A. O. ; Pietsch, T. ; Herold-Mende, C. ; Reuss, D. E. ; Kiening, K. ; Lichter, P. ; Eggert, A. ; Kramm, C. M. ; Pfister, S. M. ; Jones, D. T. W. ; Bächli, H. ; Witt, O. (Last author)
Brainstem biopsy in pediatric diffuse intrinsic pontine glioma in the era of precision medicine: the INFORM study experience.
European journal of cancer 114, 27 - 35 (2019) [10.1016/j.ejca.2019.03.019]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Scheffold, A. ; Jebaraj, B. M. C. ; Tausch, E. ; Bloehdorn, J. ; Ghia, P. ; Yahiaoui, A. ; Dolnik, A. ; Blätte, T. J. ; Bullinger, L. ; Dheenadayalan, R. P. ; Li, L. ; Schneider, C. ; Chen, S.-S. ; Chiorazzi, N. ; Dietrich, S. ; Seiffert, M. ; Tannheimer, S. ; Döhner, H. ; Mertens, D. ; Stilgenbauer, S.
IGF1R as druggable target mediating PI3K-? inhibitor resistance in a murine model of chronic lymphocytic leukemia.
Blood 134(6), 534-547 (2019) [10.1182/blood.2018881029]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Hüllein, J. ; S?abicki, M. ; Rosolowski, M. ; Jethwa, A. ; Habringer, S. ; Tomska, K. ; Kurilov, R. ; Lu, J. ; Scheinost, S. ; Wagener, R. ; Huang, Z. ; Lukas, M. ; Yavorska, O. ; Helfrich, H. ; Scholtysik, R. ; Bonneau, K. ; Tedesco, D. ; Küppers, R. ; Klapper, W. ; Pott, C. ; Stilgenbauer, S. ; Burkhardt, B. ; Löffler, M. ; Trümper, L. H. ; Hummel, M. ; Brors, B. ; Zapatka, M. ; Siebert, R. ; Kreuz, M. ; Keller, U. ; Huber, W. ; Zenz, T.
MDM4 is targeted by 1q gain and drives disease in Burkitt lymphoma.
Cancer research 79(12), 3125-3138 (2019) [10.1158/0008-5472.CAN-18-3438]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Cavalera, F. ; Simovic, M. ; Zanoni, M. ; Merico, V. ; Garagna, S. ; Zuccotti, M.
IVM of mouse fully grown germinal vesicle oocytes upon a feeder layer of selected cumulus cells enhances their developmental competence.
Reproduction, fertility and development 31(6), 1068 (2019) [10.1071/RD18444]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Schramm, K. (First author) ; Iskar, M. ; Statz, B. ; Jäger, N. ; Haag, D. ; S?abicki, M. ; Pfister, S. M. ; Zapatka, M. ; Gronych, J. ; Jones, D. T. W. (Last author) ; Lichter, P. (Last author)
DECIPHER pooled shRNA library screen identifies PP2A and FGFR signaling as potential therapeutic targets for DIPGs.
Neuro-Oncology 21(7), 867-877 (2019) [10.1093/neuonc/noz057]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Mallm, J.-P. (First author) ; Iskar, M. (First author) ; Ishaque, N. ; Klett, L. C. ; Kugler, S. J. ; Muino, J. M. ; Teif, V. B. ; Poos, A. M. ; Großmann, S. ; Erdel, F. ; Tavernari, D. ; Koser, S. D. ; Schumacher, S. ; Brors, B. ; König, R. ; Remondini, D. ; Vingron, M. ; Stilgenbauer, S. ; Lichter, P. ; Zapatka, M. ; Mertens, D. (Last author) ; Rippe, K. (Last author)
Linking aberrant chromatin features in chronic lymphocytic leukemia to transcription factor networks.
Molecular systems biology 15(5), e8339 - (2019) [10.15252/msb.20188339]2019 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Feuerbach, L. (First author) ; Sieverling, L. ; Deeg, K. I. ; Ginsbach, P. ; Hutter, B. ; Buchhalter, I. ; Northcott, P. A. ; Mughal, S. S. ; Chudasama, P. ; Glimm, H. ; Scholl, C. ; Lichter, P. ; Fröhling, S. ; Pfister, S. M. ; Jones, D. T. W. ; Rippe, K. ; Brors, B. (Last author)
TelomereHunter - in silico estimation of telomere content and composition from cancer genomes.
BMC bioinformatics 20(1), 272 (2019) [10.1186/s12859-019-2851-0]2019 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Maitra, D. ; Carter, E. L. ; Richardson, R. ; Rittié, L. ; Basrur, V. ; Zhang, H. ; Nesvizhskii, A. I. ; Osawa, Y. ; Wolf, M. W. ; Ragsdale, S. W. ; Lehnert, N. ; Herrmann, H. ; Omary, M. B.
Oxygen and conformation dependent protein oxidation and aggregation by porphyrins in hepatocytes and light-exposed cells.
Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology 8(4), 659-682.e1 (2019) [10.1016/j.jcmgh.2019.05.010]2019 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Golde, T. ; Glaser, M. ; Tutmarc, C. ; Elbalasy, I. ; Huster, C. ; Busteros, G. ; Smith, D. M. ; Herrmann, H. ; Käs, J. A. ; Schnauß, J.
The role of stickiness in the rheology of semiflexible polymers.
Soft matter 15(24), 4865-4872 (2019) [10.1039/C9SM00433E]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Schulze-Edinghausen, L. (First author) ; Dürr, C. ; Öztürk, S. ; Zucknick, M. ; Benner, A. ; Kalter, V. ; Ohl, S. ; Close, V. ; Wuchter, P. ; Stilgenbauer, S. ; Lichter, P. ; Seiffert, M. (Last author)
Dissecting the Prognostic Significance and Functional Role of Progranulin in Chronic Lymphocytic Leukemia.
Cancers 11(6), 822 (2019) [10.3390/cancers11060822]2019 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Öztürk, S. (First author) ; Roessner, P. M. ; Schulze-Edinghausen, L. ; Yazdanparast, H. ; Kalter, V. ; Lichter, P. ; Hanna, B. S. ; Seiffert, M. (Last author)
Rejection of adoptively transferred Eµ-TCL1 chronic lymphocytic leukemia cells in C57BL/6 substrains or knockout mouse lines.
Leukemia 33(6), 1514 - 1539 (2019) [10.1038/s41375-018-0332-5]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Hanna, B. (First author) ; Öztürk, S. ; Seiffert, M. (Last author)
Beyond bystanders: Myeloid cells in chronic lymphocytic leukemia.
Molecular immunology 110, 77 - 87 (2019) [10.1016/j.molimm.2017.11.014]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Krell, A. ; Wolter, M. ; Stojcheva, N. ; Hertler, C. ; Liesenberg, F. ; Zapatka, M. ; Weller, M. ; Malzkorn, B. ; Reifenberger, G. (Last author)
MiR-16-5p is frequently down-regulated in astrocytic gliomas and modulates glioma cell proliferation, apoptosis and response to cytotoxic therapy.
Neuropathology & applied neurobiology 45(5), nan.12532 (2019) [10.1111/nan.12532]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Rusu, P. (First author) ; Shao, C. ; Neuerburg, A. ; Acikgöz, A. A. ; Wu, Y. ; Zou, P. ; Phapale, P. ; Shankar, T. S. ; Döring, K. ; Dettling, S. ; Körkel-Qu, H. ; Bekki, G. ; Costa, B. ; Guo, T. ; Friesen, O. ; Schlotter, M. ; Heikenwalder, M. ; Tschaharganeh, D. F. ; Bukau, B. ; Kramer, G. ; Angel, P. ; Herold-Mende, C. ; Radlwimmer, B. ; Liu, H. (Last author)
GPD1 Specifically Marks Dormant Glioma Stem Cells with a Distinct Metabolic Profile.
Cell stem cell 25(2), 241 - 257.e8 (2019) [10.1016/j.stem.2019.06.004]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Pajtler, K. (First author) ; Wei, Y. ; Okonechnikov, K. (First author) ; Silva, P. B. G. (First author) ; Vouri, M. ; Zhang, L. ; Brabetz, S. ; Sieber, L. ; Gulley, M. ; Mauermann, M. ; Wedig, T. ; Mack, N. ; Imamura Kawasawa, Y. ; Sharma, T. ; Zuckermann, M. ; Andreiuolo, F. ; Holland, E. ; Maass, K. ; Körkel-Qu, H. ; Liu, H.-K. ; Sahm, F. ; Capper, D. ; Bunt, J. ; Richards, L. J. ; Jones, D. T. W. ; Korshunov, A. ; Chavez, L. ; Lichter, P. ; Hoshino, M. ; Pfister, S. ; Kool, M. ; Li, W. ; Kawauchi, D. (Last author)
YAP1 subgroup supratentorial ependymoma requires TEAD and nuclear factor I-mediated transcriptional programmes for tumorigenesis.
Nature Communications 10(1), 3914 (2019) [10.1038/s41467-019-11884-5]2019 DBCoverage Fulltext by Pubmed Central BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Golde, T. ; Glaser, M. ; Tutmarc, C. ; Elbalasy, I. ; Huster, C. ; Busteros, G. ; Smith, D. M. ; Herrmann, H. ; Käs, J. A. ; Schnauß, J.
Correction: The role of stickiness in the rheology of semiflexible polymers.
Soft matter 15(40), 8184 - 8184 (2019) [10.1039/C9SM90200G]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Chun, H. E. ; Johann, P. D. ; Milne, K. ; Zapatka, M. ; Buellesbach, A. ; Ishaque, N. ; Iskar, M. ; Erkek, S. ; Wei, L. ; Tessier-Cloutier, B. ; Lever, J. ; Titmuss, E. ; Topham, J. T. ; Bowlby, R. ; Chuah, E. ; Mungall, K. L. ; Ma, Y. ; Mungall, A. J. ; Moore, R. A. ; Taylor, M. D. ; Gerhard, D. S. ; Jones, S. J. M. ; Korshunov, A. ; Gessler, M. ; Kerl, K. ; Hasselblatt, M. ; Frühwald, M. C. ; Perlman, E. J. ; Nelson, B. H. ; Pfister, S. M. ; Marra, M. A. ; Kool, M. (Last author)
Identification and Analyses of Extra-Cranial and Cranial Rhabdoid Tumor Molecular Subgroups Reveal Tumors with Cytotoxic T Cell Infiltration.
Cell reports 29(8), 2338-2354.e7 (2019) [10.1016/j.celrep.2019.10.013]2019 DBCoverage BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Barthel, F. P. ; Johnson, K. C. ; Varn, F. S. ; et al
Longitudinal molecular trajectories of diffuse glioma in adults.
Nature <London> 576(7785), 112-120 (2019) [10.1038/s41586-019-1775-1]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

Lambo, S. (First author) ; Gröbner, S. ; Rausch, T. ; et al
The molecular landscape of ETMR at diagnosis and relapse.
Nature <London> 576(7786), 274-280 (2019) [10.1038/s41586-019-1815-x]2019 BibTeX | EndNote: XML, Text | RIS

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